Το σχολείο μας ιδρύθηκε το 1979 με την επωνυμία 6ο Γυμνάσιο Χανίων. Πρώτος διευθυντής και οργανωτής, κάτω από δύσκολες συνθήκες, ήταν ο Μαραγκάκης Ανδρέας, μαθηματικός.
Στη συνέχεια Διευθυντές/ντριες του 6ου Γυμνασίου Χανίων διετέλεσαν οι: Αναστασάκης Ιωάννης, Ξανθινάκης Αντώνιος, Χαρτζουλάκης Ιωάννης, Μαρεντάκης Παναγιώτης, Μανουσάκη Αικατερίνη και Μουτζούρης Κωνσταντίνος.
Τότε το σχολείο λειτούργησε προσωρινά στον αύλειο χώρο του 6ου Δημοτικού Σχολείου Χανίων, με αίθουσες λιγότερες από τις απαιτούμενες, χωρισμένο σε δύο βάρδιες. Αργότερα, για να λειτουργήσει το σχολείο σε πρωινή βάρδια, νοικιάστηκαν χώροι σε γειτονικά κτίρια, έξω από την αυλή του σχολείου, που μετατράπηκαν σε αίθουσες διδασκαλίας. Η απόδοση του σχολείου, παρ’ όλα αυτά, θεωρούνταν και ήταν πολύ καλή.
Στη συνέχεια Διευθυντές/ντριες του 6ου Γυμνασίου Χανίων διετέλεσαν οι: Αναστασάκης Ιωάννης, Ξανθινάκης Αντώνιος, Χαρτζουλάκης Ιωάννης, Μαρεντάκης Παναγιώτης, Μανουσάκη Αικατερίνη και Μουτζούρης Κωνσταντίνος.
Τότε το σχολείο λειτούργησε προσωρινά στον αύλειο χώρο του 6ου Δημοτικού Σχολείου Χανίων, με αίθουσες λιγότερες από τις απαιτούμενες, χωρισμένο σε δύο βάρδιες. Αργότερα, για να λειτουργήσει το σχολείο σε πρωινή βάρδια, νοικιάστηκαν χώροι σε γειτονικά κτίρια, έξω από την αυλή του σχολείου, που μετατράπηκαν σε αίθουσες διδασκαλίας. Η απόδοση του σχολείου, παρ’ όλα αυτά, θεωρούνταν και ήταν πολύ καλή.
Από τον Σεπτέμβριο του 2005 μεταφέρθηκε σε καινούργιο σύγχρονο κτίριο, στο χώρο του παλιού εργοστασίου της ΑΒΕΑ στην περιοχή της Νέας Χώρας Χανίων. Αυτό ενίσχυσε το κλίμα ανανέωσης και αναβάθμισης του σχολείου.
Πρώτος διευθυντής στο νέο σχολικό συγκρότημα ήταν ο Κωνσταντίνος Μουτζούρης.
Τον Φεβρουάριο του 2006 το σχολείο μας μετονομάστηκε σε 5ο Γυμνάσιο Χανίων λόγω συγχωνεύσεων σχολείων της πόλης μας.
Διευθυντές και διευθύντριες του "νέου" 5ου Γυμνασίου Χανίων διετέλεσαν οι: Παντερμάκη Νίκη, Πιμπλή Ρουμπίνη-Μαρία και Κωστουράκης Κωνσταντίνος. Από τον Ιούλιο του 2023 διευθυντής είναι ο Θεοδώρου Παύλος.
